Un socle commun de 42 ECTS du M1 apporte les connaissances suivantes :

*UE Anglais (3 ECTS) : Maîtriser la langue anglaise, avec pour objectif d'atteindre avant la fin du Master au minimum le niveau B2 dans le Cadre Européen commun de Référence.

*UE OIP "Ouverture Insertion professionnelle" (3 ECTS) : Acquérir les méthodes et outilis afin d'optimiser ses démarches d'insertion professionnelle ; être capable d'élaborer ses outils de communication écrite et orale.

*UE TIBIO "Traitement et Interprétation des données BIOlogiques" (6 ECTS) : Etre capable de concevoir un plan expérimental et d'analyser des données univariées ou multivariées, en maîtrisant les commandes de base du logiciel R.

*UE TAD "Technologies d'acquisition de données" (6 ECTS) : S'approprier les nouvelles avancées technologiques (notamment "omiques") qui génèrent des jeux de données de taille massive, nécessitant la mise en place de bases de données et d'archivage adéquates. Les thématiques abordées notamment au travers de TP concernent : i) le séquençage haut-débit et l'analyse métabarcoding pour décrire la diversité de communautés naturelles, ii) la PCR quantitative pour quantifier la présence d'organismes, de gènes de fonction ou d'expression de gènes, iii) l'utilisation des isotopes stables en abondance naturelle et avec marquage pour étudier les préférences trophiques des organismes.

*UE GMM "Génétique Moléculaire des Microorganismes" (6 ECTS) : Maîtriser les techniques de biologie et de génétique moléculaire employées pour les bactéries, les levures et les champignons filamenteux, afin d’être capables de modifier des génomes à façon (délétion de gènes, insertion, introduction de mutation ponctuelle, modification de promoteur, etc).

*UE PGB "Plasticité des Génomes microbiens et Biosécurité" (6 ECTS) : Acquérir des concepts théoriques et des méthodologies sur la stabilité des génomes microbiens, en intégrant (i) la connaissance des mécanismes de transfert de gènes et de leur régulation, (ii) les probabilités de transfert dans l'environnement, (iii) les conséquences évolutives, et (iv) les aspects écologiques et leur signification en terme de biosécurité.

*UE MENA "Microbiologie des Ecosystèmes Naturels et Anthropisés" (6 ECTS) : Acquérir des concepts théoriques et des méthodologies à l'interface de la microbiologie, de l’écologie, et de l’éco-toxicologie permettant de comprendre le rôle primordial des microorganismes dans le fonctionnement et la dynamique des écosystèmes naturels ou anthropisés, et de manière symétrique, d’évaluer les conséquences écologiques des perturbations du milieu sur les communautés microbiennes et sur les fonctions dont elles sont responsables.

*UE IMS "Interactions Microbiennes et Sociomicrobiologie" (6 ECTS) : Acquérir des concepts théoriques et des méthodologies pour l’étude des interactions biotiques auxquelles participent les microorganismes, en intégrant (i) les interactions interspécifiques entre microorganismes (compétition, antagonisme, parasitisme, prédation, successions microbiennes), (ii) les interactions intraspécifiques et le rôle de la sociomicrobiologie (phénomènes de communication cellulaire, ou quorum sensing) dans ces interactions, (iii) les interactions s’établissant entre microorganismes et eucaryotes animaux.

Au semestre 2, les étudiants choisissent 3 UEs optionnelles permettant de personnaliser leur parcours :

UE optionnelle 1 parmi les 3 UEs suivantes :

*UE 3M "Mécanismes Moléculaires Microbiens" (6 ECTS) : Acquérir des connaissances concernant les mécanismes moléculaires sous-jacents à des fonctions cellulaires essentielles qui permettent en particulier aux microorganismes (bactéries, levures, moisissures) de se développer et se multiplier, tout en soulignant les similitudes et les différences entre ces mécanismes.

*UE RSPMA "Relations sol-plante-microorganismes et agronomie" (6 ECTS, UE du Master Biologie Végétale) : Acquérir des connaissances et compétences sur les caractérle fonctionnement biologique des systèmes sol-plante-microorganismes. Les aspects fondamentaux et les mécanismes mis en œuvre seront abordés, ainsi que leurs principales implications agronomiques.

*UE MBM "Microbiologie BioMédicale" (6 ECTS) : Acquérir des connaissances fondamentales et des outils en microbiologie appliquée au secteur biomédical, en abordant (i) l’épidémiologie des maladies infectieuses, (ii) les infections associées aux soins et l’hygiène hospitalière, (iii) le diagnostic microbiologique des infections, (iv) les approches thérapeutiques anti-infectieuses, (v) l’antibiothérapie et l’antibiorésistance.

UEs optionnelles 2 & 3 parmi les 5 UEs suivantes :

*UE DCM "Dynamique Cellulaire Microbienne" (6 ECTS) : Acquérir des connaissances ainsi qu’une vision patio-temporelle des acteurs moléculaires et des compartiments des microorganismes procaryotes et eucaryotes, en se focalisant sur (i) la biologie des protéines chez les microorganismes, (ii) les espaces cellulaires et leurs dynamiques, (iii) les mobilités intra-cellulaires et cellulaires.

*UE MSP "Microorganismes et Santé des Plantes" (6 ECTS) : Acquérir des connaissances sur (i) les mécanismes d’interaction des microorganismes bénéfiques ou pathogènes avec la plante, (ii) les mécanismes de défense des plantes vis-à-vis des pathogènes, (iii) les mécanismes de sélection du microbiote associé aux plantes et la notion de phytobiome, (iv) les procédures d’inoculation de microorganismes phytobénéfiques.

*UE MAA "Microbiologie Agro-Alimentaire" (6 ECTS) : Acquérir des connaissances fondamentales en microbiologie agro-alimentaire concernant la sécurité sanitaire des aliments, la surveillance sanitaire et microbiologique des eaux, l’importance des microorganismes dans les processus de transformation (biotechnologies, bioréacteurs), le traitement des effluents et déchets agroalimentaires liquides ou solides, les prébiotiques et probiotiques.

*UE DR "Découverte de la Recherche" (=STage en laboratoire académique) (6 ECTS) : Découvrir le monde de la recherche et préciser son projet professionnel par le biais de la réalisation d'un stage de recherche de 7 semaines à temps plein en laboratoire académique.

*UE "Virologie fondamentale" (6 ECTS, UE du master BMC).