SUJETS de STAGE M2 MMPEM 2023-2024

Les sujets de stage pour l'année universitaire 2023-2024 commencent à être affichés et cette page sera mise à jour régulièrement. Les sujets portant la mention PMIP sont également ouverts aux candidats envisageant de suivre la parcours de M2 PMIP. Les sujets dont l'intitulé sont en rouge sont pourvus par un candidat. Les candidats peuvent également effectuer une démarche autonome de recherche de stage.

Les équipes souhaitant déposer un sujet sont invitées à contacter les responsables (F. Wisniewski & F. Hommais).

I - UMR 5557 - ECOLOGIE MICROBIENNE (UCB LYON 1 - CNRS - INRAE - VetAgro Sup)

1.1. Rôle des symbiotes eucaryotes du moustique tigre dans le recyclage des déchets azotés. P. Luis & G. Minard

1.2. Comptabilité et synergie entre phages et bactéries protectrices dans la lutte contre la bactériose de la laitue. F. Bertolla & C. Prigent-Combaret

1.3. Microbiote racinaire et nutrition phosphorée des plantes non-mycorhiziennes. J. Almario & Y. Moënne-Loccoz (PMIP)

1.4. Caractérisation du génome essentiel et identification de gènes d’adaptation au maïs chez Azospirillum par approche Tn-Seq. F. Wisniewski-Dyé (PMIP)

1.5. Caractérisation phénotypique et taxonomique d’isolats microbiens capables de transformer des PCB et analyse de leur capacité de transformation et de maintien en consortia. M. Louzon & L. Fraissinet-Tachet

1.6. Impact du glyphosate sur le dialogue moléculaire entre le moustique tigre Aedes albopictus et son microbiote. C. Valiente Moro & A. Vigneron                                                                                                      

1.7. Actinobactéries et santé des plantes : rôle des métabolites spécialisés dans le contrôle de Phytophthora pathogène de l’aulne. H. Boubakri & C. Prigent-Combaret (PMIP)

1.8. Effet de polluants chimiques urbains sur la colonisation par les Nocardia pathogènes de cellules épithéliales pulmonaires. E. Berger & V. Rodriguez-Nava

1.9. Communication intercellulaire via les vésicules extracellulaires bactériennes. L. Vial & I. Kerzaon

II - UMR 5240 - Microbiologie, Adaptation et Pathogénie (UCB LYON 1 - CNRS - INSA- Bayer CropScience)

2.1. Rôle des éléments trace dans l’interaction bactérie phytopathogène / plante. A. Rodrigue (PMIP)

2.2. Régulation de la topologie de l’ADN par l’anaérobiose : impact sur l’expression des gènes impliqués dans l’infection chez Dickeya dadantii. Z. Haichar & S. Meyer

2.3. Hfq regulation of Dickeya dadantii: a transcriptomic approach. F. Hommais & Z. Haichar (PMIP)

2.4. Mécanisme d’action de la protéine associée au nucléoïde LRP, « baromètre physiologique » majeur, chez Dickeya dadantii. C. Ribot & W. Nasser (PMIP)

2.5. Analyse de gènes essentiels à la phytopathogénicité des bactéries du genre Dickeya, Pectobacterium et Pseudomonas. E. Gueguen & G. Condemine (PMIP)

2.6. Secretory vesicles in the plant pathogenic fungus Botrytis cinerea. C. Bruel & A. Hamandjian  (PMIP)

III - Centre International de Recherche en Infectiologie (INSERM U1111 - CNRS UMR5308 - ENS Lyon - UCB LYON 1)

3.1. Impact des modifications post-transcriptionnelles des ARN sur la virulence de Staphylococcus aureus. K. Moreau & C. Teixeira

3.2. Système de sécrétion de type VI (T6SS) de Francisella et infection de l’hôte. T. Henry & M. Degabriel

3.3. Impact des différents matériaux sur la capacité des Staphylococcus à coagulase négative à former des biofilms. M. Butin & A. Tristan

3.4. Bacterial phenotypic heterogeneity in the protozoa-pathogen interactions. D. Blaha

IV - UMR 5086 Molecular Microbiology and Structural Biochemistry (UCB LYON 1 IBCP - CNRS)

4.1. Caractérisation d’un facteur régulant le transfert du plasmide conjugatif pOXA-48a impliqué dans la propagation de résistance aux carbapénèmes. S. Bigot

4.2. Identification et caractérisation génétique et moléculaire de protéines régulatrices impliquées dans la différenciation cellulaire chez la bactérie modèle Caulobacter crescentus. M. Guzzo & D. Vinella

4.3. Caractérisation du rôle fonctionnel des Penicillin Binding Protein (PBPs) de classe A lors de la synthèse du peptidoglycane bactérien. R. Mercier & C. Grangeasse

4.4. Gene expression reprogramming in the new host cell during bacterial conjugation by the YfjB plasmid-encoded factor. C. Lesterlin & L. Terradot

V - UMR 5306 Institut Lumière Matière

5.1. Molecular characterization of oxygen sensing in Dictyostelium. C. Anjard & JP Rieu

VI - UMR 5242 Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon

6.1. Dlt machinery structural architecture and contribution to Lactiplantibacillus plantarum physiology and probiotic traits. R. Matos & S. Ravaud

VII - BF2I - Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (INRAE -  INSA Lyon)

7.1. Fonction(s) des peptides antimicrobiens dans la symbiose mutualiste entre le charançon des céréales Sitophilus oryzae et la bactérie endosymbiotique Sodalis pierantonius. A. Zaidman-Remy & N. Parisot

7.2. The role of DNA methylation in the symbiosis between a cereal weevil and its endosymbiotic bacteria. R. Rebollo & M. Fablet

7.3. Deciphering the molecular dialogue between the mutualistic symbiosis between the cereal weevil Sitophilus oryzae and the endosymbiotic bacteria Sodalis pierantonius. R. Rebollo & N. Parisot

7.4. Dissecting the developmental origin and formation of the symbiont bearing-organ in the insect Sitophilus spp. A. Zaidman-Remy & R. Rebollo

VIII - IRHS - Institut de Recherche en Horticulture et Semences (INRAE - Univ. Angers)

8.1. Plant microbiome engineering through seed inoculation to promote resistance to pathogens. M. Barret & M. Simonin (PMIP)

IX - Unité Pathologie Végétale - INRAE, Montfavet

X - LIPME - Laboratoire des Interactions Plantes-Microorganismes-Environnement (INRAE Toulouse)

XI - Institut de Recherche en Santé Digestive - INSERM/INRAE/Université, Toulouse

11.1. Effet du stress dans les infections urinaires à Escherichia coli. D. Payros & E. Oswald

11.2. Rôle de hlyF dans la pathogénie des souches de Escherichia coli adhérentes invasives (AIEC). P. Branchu

XII - LISM - Laboratoire d'Ingénierie des Systèmes Macromoléculaires (CNRS - Univ. Marseille)

12.1. Caractérisation de la dynamique d’infection bactérienne par les phages filamenteux par microscopie à fluorescence. L. Houot

XIII - Laboratory of Applied Space Microbiology, University of Bremem

13.1. Characterization of cyanobacterial populations subjected to adaptive laboratory evolution, in the frame of bioprocesses supporting Mars exploration. C. Verseux

XIV - Research Group Environmental Process Engineering, University of Bremem

XV - Unité OPAALE - INRAE Rennes

15.1. Dégradation des plastiques biodégradables dans les filières de valorisation des biodéchets. P. Dabert & P. Derkenne

XVI - EA 3738 - CICLY - Equipe Inflammation et Immunité de l'épithelium respiratoire

XVII - UMR Mycoplasmoses des Ruminants (ANSES - VetAgro Sup)

XVIII - UMR Procédés Alimentaires et Microbiologiques, Université de Bourgogne-Institut Agro Dijon

18.1. Etude de l’impact d’un extrait d’algue sur des micro-organismes au cours du processus de vinification. H. Alexandre & C. Abry

XIX - Unité Dynamique des génomes et adaptation microbienne (DynAMIC), Université de Lorraine/INRAE

19.1. Caractérisation du mécanisme de phytotoxicité de la souche Streptomyces BS9. B. Aigle

XX - Unité mixte Hospices Civils de Lyon - bioMérieux

XXI - Laboratoire Ampère, Ecole Centrale LYON

XXII - USC1233 Rongeurs sauvages, risques sanitaires et gestion des populations (INRAE -VetAgro Sup)

XXIII - UMR 454 MEDIS - Microbiote Environnement Digestif et Santé  - CLERMONT-FERRAND

XXIV - LEMiRE, CEA Cadarache

XXV - EA 4651, Aliments bioprocédés toxicologie environnements, Université CAEN

XXVI - UMR 1355 Institut Sophia Agrobiotech,  INRAE Nice

XXVII - Toulouse Biotechnology Institute, Bio 1 Chemical Engineering - TOULOUSE

XXVIII - ANSES, Unité B3PA (Bactériologie et Parasitologie des Produits de la Pêche et de l’Aquaculture) - Boulogne/Mer

 28.1. Vibrio parahaemolyticus dans la filière des produits de la pêche. G. MIDELET & A. REGNIER

XXIX - ANSES, Unité AB2R (Antibiotics, Biocides, Residues & Resistance) - Fougères

 29.1. Impact de l'adaptation aux biocides sur les capacités de recolonisation de variants résistants dans des conditions mimant la chaine alimentaire. A. BRIDIER

 29.2. Impact des biocides sur le transfert horizontal de gènes au sein de biofilms bactériens. A. HUGUET

XXX - ANSES, Unité EMAD (Experimentation, Modelling and Data Analysis) - Fougères

30.1. Réévaluation de l’activité de trois associations sulfamide/triméthoprime sur des bactéries pathogènes d’intérêt vétérinaire. A. VIEL