SUJETS de STAGE M2 MMPEM 2024-2025

Les sujets de stage pour l'année universitaire 2024-2025 commencent à être affichés et cette page sera mise à jour régulièrement. Les sujets portant la mention PMIP sont également ouverts aux candidats envisageant de suivre la parcours de M2 PMIP. Les sujets dont l'intitulé sont en rouge sont pourvus par un candidat. Les candidats peuvent également effectuer une démarche autonome de recherche de stage.

Les équipes souhaitant déposer un sujet sont invitées à contacter les responsables (F. Wisniewski & F. Hommais).

I - UMR 5557 - ECOLOGIE MICROBIENNE (UCB LYON 1 - CNRS - INRAE - VetAgro Sup)

1.1. Evaluation de la robustesse et durabilité de la phagothèrapie en agriculture à travers la compréhension de la co-évolution entre les phages et la bactérie phytopathogène Xanthomonas hortorum pv. vitians. F. BERTOLLA

1.2. Comptabilité et synergie entre phages et la molécule bactéricide peptaibol trichogine GA IV dans la lutte contre la bactériose de la laitue. F. BERTOLLA & S. TUNDO

1.3. Bio-remédiation de PCB dans le sol par des champignons filamenteux et des bactéries - Etude in situ de souches microbiennes appliquées seules ou en consortia. L. FRAISSINET-TACHET

1.4. Conséquences de l’histoire évolutive du blé sur la capacité d’interaction avec les champignons rhizophériques (phytopathogènes et phytobénéfiques) dans du sol résistant aux maladies. Y. MOËNNE-LOCCOZ & D. MULLER - Ouvert aussi PMIP

1.5. Exploration des propriétés létales de Chryseobacterium spp. et de ses vésicules extracellulaires contre le moustique tigre Aedes albopictus. A. VIGNERON & L. VIAL

1.6. Effets du polyéthylène associé à un cocktail d'additifs sur les communautés microbiennes d'un sol agricole suite à un amendement organique. A. RICHAUME-JOLION

1.7. Forêt et santé des arbres : quel est le rôle de la symbiose « Aulne – Frankia » dans la diversité du microbiome racinaire et la résistante à la maladie ? H. BOUBAKRI & C. PRIGENT-COMBARET - Ouvert aussi PMIP

1.8. Alnus glutinosa et Alnus cordata face à la sécheresse : Résistance et impact sur les communautés microbiennes du cycle de l’azote – S. KIM TIAM & A. CANTAREL- Ouvert aussi PMIP

1.9. L'occurence d'indicateurs bactériens du danger sanitaire associés aux pratiques d'épandage de digestats en écosystème prairial. W. GALIA & C. WYBRANIEC

1.10. Microbiote racinaire et adaptation des plantes à la perte d'une symbiose ancestrale. J. ALMARIO - Ouvert aussi PMIP

II - UMR 5240 - Microbiologie, Adaptation et Pathogénie (UCB LYON 1 - CNRS - INSA- Bayer CropScience)

2.1. Analyse de gènes essentiels à la phytopathogénicité des bactéries du genre Dickeya, Pectobacterium et Pseudomonas. E. GUEGUEN - Ouvert aussi PMIP

2.2. Recherche de protéines couplées au peptidoglycane chez les protéobactéries. V. SHEVCHIK

2.3. Impact de la disponibilité en oxygène sur l’expression des gènes de virulence chez la bactérie Dickeya dadantii. F. HAICHAR - Ouvert aussi PMIP

2.4. Etude de gènes essentiels chez le champignon phytopathogène Botrytis cinerea. S. DUCERF & M. CHOQUER - Ouvert aussi PMIP

2.5. Caractérisation fonctionnelle de trois transporteurs d'hexose potentiels chez la levure K. lactis. M. DUBARRY & M. LEMAIRE

III - Centre International de Recherche en Infectiologie (INSERM U1111 - CNRS UMR5308 - ENS Lyon - UCB LYON 1)

3.1. Impact des modifications post-transcriptionnelles des ARNt sur la virulence de Staphylococcus aureus. K. MOREAU & C. TEIXEIRA

IV - UMR 5086 Molecular Microbiology and Structural Biochemistry (UCB LYON 1 IBCP - CNRS)

4.1. Caractérisation et rôle de l’interaction moléculaire entre l’actine et la tubuline bactérienne. R. MERCIER & C. GRANGEASSE

4.2. Régulation de la différenciation cellulaire par le di-GMP cyclique au contact d’une surface chez Caulobacter crescentus. M. GUZZO

V - UMR 5306 Institut Lumière Matière

5.1. Molecular characterization of Dictyostelium dynamic aggregation in hypoxic environment. C. ANJARD & O. COCHET-ESCARTIN

VI - UMR 5242 Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon

VII - BF2I - Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (INRAE -  INSA Lyon)

7.1. Fonctions multiples et régulation fine des peptides antimicrobiens dans la symbiose mutualiste entre les charançons des céréales Sitophilus spp et leurs bactéries endosymbiotiques. A. ZAIDMAN-REMY

VIII - IRHS - Institut de Recherche en Horticulture et Semences (INRAE - Univ. Angers)

8.1. Plant microbiome engineering through seed inoculation to promote resistance to pathogen. M. SIMONIN & L. COLAERT-SENTENAC - Ouvert aussi PMIP

8.2. Bacterial specilaized metabolites involved in seed microbiome interaction. A. NOEL & M. BARRET. Ouvert aussi PMIP

IX - Unité Pathologie Végétale - INRAE, Montfavet

X - LIPME - Laboratoire des Interactions Plantes-Microorganismes-Environnement (INRAE Toulouse)

10.1. Identification de nouvelles fonctions impliquées dans la résistance à la dessiccation chez les bactéries fixatrices d’azote symbiotiques de légumineuses. C. BRUAND & L. SAUVIAC - Ouvert aussi PMIP

10.2. Rôle de la méthylation du promoteur d’epsR, un répresseur de la production d’exopolysaccharides, dans la virulence et le métabolisme de la bactérie phytopathogène Ralstonia solanacearum. A. GUIDOT

XI - Toulouse Biotechnology Institute,- Toulouse

11.1. The native bacterial microcompartment of Escherichia coli: matters of diversity and heterogeneity. D. JALLET

XII - Institut de Recherche en Santé Digestive - INSERM/INRAE/Université, Toulouse

12.1. Rôle de hlyF dans la pathogénie des souches de Escherichia coli adhérentes invasives (AIEC). P. BRANCHU

12.2. Développement de stratégies alternatives aux antibiotiques pour la lutte contre l’antibiorésistance : production et caractérisation de microcines-sidérophore. S. DUQUESNE & J.-P. NOUGAYREDE

12.3. Activation de la réponse SOS par la colibactine dans la compétition inter bactérienne et l’induction de tolérance antibiotique. J.-P. NOUGAYREDE & J. VAUBOURGEIX

12.4. Investigating the influence of host factors and bacterial lifestyles on the behavior and pathogenicity of gut pathobionts. J.-P. MOTTA & P. BRANCHU

12.5. Identification des déterminants génétiques responsable de la tolérance aux antibiotiques lors d’infection urinaire. J. VAUBOURGEIX

XIII - Laboratory of Applied Space Microbiology, University of Bremem

XIV - Research Group Environmental Process Engineering, University of Bremem

XV - Unité OPAALE - INRAE Rennes

XVI - Laboratoire de Microbiologie et Génétique Moléculaires - Toulouse

16.1. Caractérisation d’une nouvelle famille de systèmes toxine-antitoxine et rôle dans l’immunité bactérienne chez Escherichia coli. P. BORDES

XVII - UMR Mycoplasmoses des Ruminants (ANSES - VetAgro Sup)

XVIII - UMR Procédés Alimentaires et Microbiologiques, Institut Universitaire de la Vigne et du Vin, Université de Bourgogne

18.1. Etude de la consommation en lipides de Saccharomyces cerevisiae en condition œnologique. C. ROULLIER-GALL & H. ALEXANDRE

18.2. Etude de l’intégration des phytostérols dans la membrane plasmique de Saccharomyces cerevisiae en condition œnologique. C. ROULLIER-GALL & H. ALEXANDRE

18.3. Etude de l’impact d’un extrait d’algue sur des micro-organismes au cours de l’élaboration du vin. H. ALEXANDRE & C. ABRY

XIX - Unité Dynamique des génomes et adaptation microbienne (DynAMIC), Université de Lorraine/INRAE

XX - Institut de Pharmacologie et de Biologie Structurale, Toulouse

20.1. Etude du rôle du régulateur transcriptionnel WhiB7 dans l’émergence de bactéries tolérantes aux antibiotiques chez Mycobacterium abscessus. H. BOTELLA

XXI - Department of Fundamental Microbiology, University of Lausanne

21.1. Studying spatial organization of soil microbiota at microscale. JP VAN DER MEER & M. BATSCH

XXII - USC1233 Rongeurs sauvages, risques sanitaires et gestion des populations (INRAE -VetAgro Sup)

XXIII - UMR 454 MEDIS - Microbiote Environnement Digestif et Santé  - CLERMONT-FERRAND

XXIV - LEMiRE, CEA Cadarache

XXV - EA 4651, Aliments bioprocédés toxicologie environnements, Université CAEN

25.1. Les communautés de bactériophages du cidre. M. DALMASSO

XXVI - UMR 1355 Institut Sophia Agrobiotech,  INRAE Nice

XXVII - Laboratoire d'Ingénierie des Systèmes Macromoléculaires - LISM (CNRS - Univ. Marseille)

XXVIII - ANSES, Unité B3PA (Bactériologie et Parasitologie des Produits de la Pêche et de l’Aquaculture) - Boulogne/Mer

XXIX - ANSES, Unité AB2R (Antibiotics, Biocides, Residues & Resistance) - Fougères

29.1. Réévaluation de l’activité de trois associations sulfamide/triméthoprime sur des bactéries pathogènes d’intérêt vétérinaire. A. VIEL

XXX - ANSES, Unité EMAD (Experimentation, Modelling and Data Analysis) - Fougères

XXXI - Unité Mycologie et Santé des Aliments, INRAE Bordeaux

31.1. Contributions à une étude des effets de biomolécules antifongiques et microorganismes antagonistes sur la composition d’une communauté synthétique constitués de 7 espèces toxinogènes de Fusarium spp. J.-M. SAVOIE & F. FORGET - Ouvert aussi PMIP

XXXII - Unité Biologie et Gestion des Risques en Agriculture, INRAE & Univ. Paris-Saclay

32.1. Identification and characterization of genetic determinants involved in gene-for-gene interactions between rapeseed and its fungal pathogen Leptosphaeria maculans in order to diversify resistance sources. I. FUDAL & A. JIQUEL - Ouvert aussi PMIP