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SUJETS de STAGE M2 MMPEM 2022-2023

Les sujets de stage pour l'année universitaire 2022-2023 commencent à être affichés et cette page sera mise à jour régulièrement. Les sujets portant la mention PMIP sont également ouverts aux candidats envisageant de suivre la parcours de M2 PMIP. Les sujets dont l'intitulé sont en rouge sont pourvus par un candidat. Les candidats peuvent également effectuer une démarche autonome de recherche de stage.

Les équipes souhaitant déposer un sujet sont invitées à contacter les responsables (F. Wisniewski & F. Hommais).

 

I - UMR 5557 - ECOLOGIE MICROBIENNE (UCB LYON 1 - CNRS - INRAE - VetAgro Sup)

1.1. Les di-terpènes : inducteurs et substrats de pompes à efflux de la bactérie multi-résistante Stenotrophomonas maltophilia ? S. Favre-Bonté

1.2. Impact des pratiques agricoles et de l’usage des sols sur la dissémination de l’antibiorésistance dans les eaux de surface et le sol à l’échelle d’un bassin versant rural. S. Favre-Bonté & A. Richaume-Jolion

1.3. Interactions arthropode-microorganismes et altérations microbiennes de la grotte de Lascaux. Y. Moënne-Loccoz & G. Minard

1.4. Comprehension of the adaptive mechanisms of Pseudomonas strains during their interaction with maize. C. Prigent-Combaret & D. Muller (PMIP)

1.5. Etude fonctionnelle des peptides antimicrobiens de l’aulne dans un contexte symbiotique. H. Boubakri & P. Pujic (PMIP)

1.6. Développement d’approches de PCR quantitative pour le suivi de Nocardia pathogènes dans les sédiments et dépôts urbains et étude des biais de répartition. V. Rodriguez-Nava & B. Cournoyer

 

II - UMR 5240 - Microbiologie, Adaptation et Pathogénie (UCB LYON 1 - CNRS - INSA- Bayer CropScience)

2.1. Rôle du zinc dans l’interaction bactérie phytopathogène / plante. A. Rodrigue (PMIP)

2.2. Analyse de gènes essentiels à la phytopathogénicité des bactéries du genre Dickeya, Pectobacterium et Pseudomonas. E. Gueguen & G. Condemine (PMIP)

2.3. Caractérisation de protéines couplées au peptidoglycane chez les protéobactéries. V. Shevchik & X. Nicolaï

2.4. Role of a cell wall component in the putative camouflage of Botrytis cinerea on plant hosts. M. Choquer (PMIP)

2.5. Régulation de la topologie de l’ADN par l’anaérobiose : impact sur l’expression des gènes impliqués dans l’infection chez Dickeya dadantii. Z. Haichar & S. Meyer

2.6. Characterization of intracellular vesicles from the filamentous fungus Botrytis cinerea. C. Bruel (PMIP)

  

III - Centre International de Recherche en Infectiologie (INSERM U1111 - CNRS UMR5308 - ENS Lyon - UCB LYON 1)

3.1. Identification de facteurs permettant l’adaptation de souches de S. aureus résistants à la méticilline dans les poumons de patients atteints de mucoviscidose. A. Doléans-Jordheim & K. Moreau

3.2.  Etude des interactions fonctionnelles entre neuraminidases virales et bactériennes dans le contexte de co-infections de l’épithélium respiratoire humain. O. Terrier & V. Escuret

3.3. Exploration de GapA comme facteur de sévérité dans les bactériémies à Staphylococcus aureus. C. Bouchiat & F. Vandenesch

3.4. Evaluation du risque de contamination des préparations de phages thérapeutiques par les phages lysogéniques de la souche bactérienne de production. F. Laurent & F. Laumay

 

IV - UMR 5086 Molecular Microbiology and Structural Biochemistry (UCB LYON 1 IBCP - CNRS)

4.1. Caractérisation de la dissémination de résistances aux carbapénèmes chez les bactéries par le plasmide conjugatif pOXA-48a. S. Bigot

 

V - UMR 5242 Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon

5.1. Impact of polylysogeny on Lactiplantibacillus plantarum fitness and probiotic traits. M. Renata & F. Leulier

 

VI - BF2I - Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (INRAE -  INSA Lyon)

6.1. Dissecting the developmental origin and formation of the symbiont bearing-organ in the insect Sitophilus spp. R. Rebollo & A. Zaidman-Remy

6.2. Deciphering the molecular dialogue between the mutualistic symbiosis between the cereal weevil Sitophilus oryzae and the endosymbiotic bacteria Sodalis pierantonius: datamining of Dual RNA Seq datasets. N. Parisot & A. Zaidman-Remy

6.3. Fonction(s) des peptides antimicrobiens dans la symbiose mutualiste entre le charançon des céréales Sitophilus oryzae et la bactérie endosymbiotique Sodalis pierantonius. A. Zaidman-Remy & N. Parisot

 

VII - IRHS - Institut de Recherche en Horticulture et Semences (INRAE - Univ. Angers)

7.1. Influence of seed microbiota on seedling emergence and metabolism. M. Simonin (PMIP)

 

VIII - Unité Pathologie Végétale - INRAE, Montfavet

8.1. Sensibilité de Zymoseptoria tritici à des extraits bactériens contenant des lipopeptides. M. Bardin

 

IX - LIPME - Laboratoire des Interactions Plantes-Microorganismes-Environnement (INRAE Toulouse)

9.1. Symbioses fixatrice d’azote et stade développemental, quelle(s) influence(s) sur la résistance des légumineuses à Ralstonia solanacearum ? B. Gourion

 

X - LISM - Laboratoire d'Ingénierie des Systèmes Macromoléculaires (CNRS - Univ. Marseille)

10.1. Analyse dynamique et fonctionnelle du système Tol-Pal lors de l’infection par les phages filamenteux. L. Houot

 

 XI -Laboratory of Applied Space Microbiology, University of Bremem

11.1. Study of cyanobacterial responses to artificial atmospheres, in support of future crewed missions to Mars. C. Verseux

 

XII - Research Group Environmental Process Engineering, University of Bremem

12.2. Making bioplastics from electricity and CO2: Improving PHA electrosynthesis by Kyrpidia spormannii. G. Pillot & T. Ramalho

12.1. Optimization of electrosynthesis by hyperthermophilic electrotrophs. G. Pillot & S. Kerzenmacher

12.2. Making bioplastics from electricity and CO2: Improving PHA electrosynthesis by Kyrpidia spormannii. G. Pillot & T. Ramalho


XIII - EA 3738 - CICLY - Equipe Inflammation et Immunité de l'épithelium respiratoire

 

XIV - UMR Mycoplasmoses des Ruminants (ANSES - VetAgro Sup)

 

XV - Laboratoire ANSES, Lyon

 

XVI - UMR 5306 Institut Lumière Matière

 

XVII - Unité Dynamique des génomes et adaptation microbienne (DynAMIC), Université de Lorraine-INRAE

 

XVIII - Unité mixte Hospices Civils de Lyon - bioMérieux

 

XIX - Laboratoire Ampère, Ecole Centrale LYON

 

XX - USC1233 Rongeurs sauvages, risques sanitaires et gestion des populations (INRAE -VetAgro Sup)

 

XXI - UMR 454 MEDIS - Microbiote Environnement Digestif et Santé  - CLERMONT-FERRAND

 

XXII - LEMiRE, CEA Cadarache

 

XXIII - EA 4651, Aliments bioprocédés toxicologie environnements, Université CAEN

 

XXIV - UMR 1355 Institut Sophia Agrobiotech,  INRAE Nice

 

XXV - Toulouse Biotechnology Institute, Bio 1 Chemical Engineering - TOULOUSE

 

XXVI - ANSES, Laboratoire de Sécurité des Aliments - Boulogne/Mer

 

XXVII - ANSES, Laboratoire Hygiène Qualité Sécurité des Aliments - Maisons-Alfort