ORIGINALITÉ DU PARCOURS M2 MMPEM

Grâce à une équipe pédagogique diversifiée, l'enseignement dispensé permet à l'étudiant d'appréhender les multiples facettes de la microbiologie, des aspects mécanistiques (par exemple étude des mécanismes moléculaires mis en jeu lors d'une interaction hôte-pathogène) à la microbiologie environnementale (par exemple étude d'une communauté fonctionnelle dans un écosystème donné).

Via le fort potentiel des équipes de recherche en microbiologie du pôle lyonnais et via des contacts dans divers laboratoires nationaux, les étudiants ont accès à une large offre de stages couvrant des aspects diversifiés (microbiologie moléculaire, écologie microbienne) sur des modèles variés (pathogènes animaux et humains, phytopathogènes, microorganismes bénéfiques pour les plantes, etc..). L'étudiant peut également s'engager dans une démarche autonome de recherche de stage et dans le cas d'un stage à l'étranger peut bénéficier d'aides financières de la part de l'Université.

CONTENU de la FORMATION

De nombreux enseignements sont dispensés sous forme de conférences par des chercheurs/enseignant-chercheurs/praticiens hospitaliers (Université / INSA / CNRS / INRAE / INSERM / VetAgroSup) qui exposent aux étudiants les derniers développements de leurs travaux de recherche ou du domaine d'étude concerné. Certains enseignements permettent également de développer des projets en groupe (notamment l'UE Ingénierie Microbienne). Une UE spécifique de 6 ECTS (Scientific Communication) est consacrée à la recherche bibliographique, à l'analyse critique des documents scientifiques, aux techniques de rédaction de publications et de présentation orale et affichée des résultats expérimentaux. Elle est dispensée sous forme de TD avec participation active de chaque étudiant.

Le stage (24 ECTS) d'une durée de 5 à 6 mois se fait au 2ème semestre sous la responsabilité d'un maître de stage dont la désignation est validée par la commission pédagogique du master. L'étudiant est intégré à une équipe d'accueil dans laquelle il développe sa problématique de recherche. Les deux sujets complémentaires qui lui sont proposés (bibliographique et expérimental) donnent lieu à la rédaction de mémoires. La partie expérimentale du stage de recherche fait l'objet d'une soutenance orale.

UE SCO "Scientific Communication” (6 ECTS - UE en Anglais) : The course includes lectures and practical sessions on the different dimensions of oral, poster and written scientific communication. The aim of this course is to enable students to understand the different stages of the process of designing, preparing and producing a relevant and impactful scientific communication according to the different media. This course prepares students for the bibliographic and experimental reports required in the framework of the Master 2 programme, as well as for the oral defense of experimental work at the end of the Master 2 program.

UE PMI "Plant Microorganism interactions” (3 ECTS - UE en Anglais) : A series of lectures will be given by researchers exposing to the students the latest developments in their field of research work. These conferences cover the interactions between microorganisms (bacteria, fungi or oomycetes and their host plants). The molecular mechanisms of positive interactions (symbiosis, mutualism) or harmful interactions (pathogenicity) will be detailed.

UE AIB "Applied Integrative Biology” (3 ECTS - UE en Anglais) : Training courses dedicated to the integrative analysis of multi-omics datasets obtained by different scientific experts working in the area of plant-microbe interactions.

UE IMINT "Introduction à la Microbiologie INTégrative” (3 ECTS) : Depuis l'avènement des données « omiques », la compréhension de l'acclimatation cellulaire des microorganismes à des changements d'environnement mise sur la possibilité de pouvoir analyser l'ensemble des modifications déclenchées par ces changements dans la cellule. Toutefois, cette analyse demande l'intégration de ces données à celles issues de la biologie moléculaire et cellulaire, et cela constitue un ensemble complexe parfois difficile à appréhender. Sur la base de données "omiques", l'objectif de l'UE est d'aborder la microbiologie intégrative en reliant les voies métaboliques à leurs localisations dans la cellule et à leurs systèmes de régulation. Les notions d'inter-connexion entre les voies métaboliques et de réseaux de régulation seront également abordées pour comprendre comment la modulation de la quantité de quelques métabolites ou de l'expression de quelques gènes engendre des cascades d'ajustements cellulaires.

UE CMEM « Concepts et Méthodologies en Ecologie Microbienne » (3 ECTS) : L’UE traite de concepts majeurs et de méthodologies en microbiologie et en écologie microbienne, et notamment de leurs utilisations dans le cadre des démarches de recherche scientifique. Après des rappels d’écologie microbienne, seront abordés la notion d’écosystème microbien et conséquences pratiques, la notion de populations microbiennes et l'utilité des concepts associés (aspects taxonomiques, niche écologique, migrations et métapopulations), la signification des éléments génétiques mobiles et génomique évolutive microbienne, la diversité microbienne (définitions, évaluations, significations), les interactions hôte-microorganismes ainsi que les outils moléculaires d’analyse de ces interactions, la relation entre populations microbiennes et fonctionnement des écosystèmes/hôtes.

UE IM « Ingénierie Microbienne » (6 ECTS) : Cette UE à forte composante technologique vise à présenter les concepts, outils et applications de la Biologie de Synthèse pour la production de molécules d’intérêt économique ou pour le développement de procédés « verts » (bio-remédiation, chimie verte, …). Avec une partie importante de la formation dispensée sous forme de TP, cette UE permettra de mettre en œuvre les concepts théoriques et méthodologiques (écologie, microbiologie, génétique, régulation, biologie moléculaire, physiologie) vus précédemment par les étudiants chez les microorganismes procaryotes et eucaryotes. Ainsi, les machineries enzymatiques, les notions de "scaffolding" et de "channeling", mais aussi la dégradation de molécules organiques ou la dépollution des métaux seront abordés. L'enseignement intègrera la dimension éthique des questions soulevées par la biologie de synthèse et la biotechnologie. Il intègrera aussi la mise en application concrète des outils de bio-informatique nécessaires aux analyses de séquences, aux constructions génétiques virtuelles et aux propositions de réseaux de régulation.

UE IMHA « Interactions Microorganismes-Hôte Animal » (3 ECTS) : L'UE comprend des conférences par des chercheurs du domaine visant à présenter les différents types d'interactions entre des pathogènes type (bactérie, virus, champignons, parasites) et leurs hôtes animaux, les méthodes permettant d'identifier, comprendre et appréhender ces interactions ainsi que les conséquences à court, moyen et long terme de ces interactions (et les adaptations qu'elle peuvent induire) à la fois sur le versant du pathogène mais aussi sur celui de l'hôte.

UE OHISEM « One Health et Impacts Sanitaires des Ecosystèmes Microbiens » (3 ECTS) : L’objectif de cette UE sera d’illustrer l’importance grandissante des écosystèmes microbiens sur la santé ainsi que l’influence de l’environnement sur l’évolution des écosystèmes et leur impact sur l’évolution des maladies. Cette UE abordera le concept OneHealth (ou Santé Globale) qui intègre l'existence de liens étroits entre la santé humaine, la santé animale ou la santé de l'environnement. Ce concept promeut les approches pluridisciplinaires.

UE RTM « Recent Topics in Microbiology » (3 ECTS) : L’objectif de l'UE est de former les étudiants à : i) la veille scientifique et à l'intégration des nouvelles connaissances dans les modèles en cours, ii) la critique des expériences scientifiques et iii) la présentation orale d'un travail de synthèse. De plus, l'UE permettra d'illustrer les dernières avancées et découvertes dans le domaine de la microbiologie, en considérant les aspects fondamentaux et/ou appliqués, tant au niveau moléculaire et cellulaire qu'au niveau des interactions de différents microorganismes avec leur environnement. Organisée exclusivement sous forme de TD, des publications scientifiques récentes, validées par un spécialiste du domaine, serviront de support au travail de synthèse et de présentation demandé.

UE Anglais (3 ECTS) : Cette UE a pour objectif d'atteindre au minimum le niveau B2 dans le Cadre Européen Commun de Référence, avant la fin de l’année de M2.

UE STAR « Stage Recherche » (24 ECTS) : Le stage Recherche d’une durée de 5 mois à temps plein a lieu au second semestre sous la responsabilité d’un maître de stage dont la désignation est validée par la commission pédagogique du master. L'étudiant est intégré à une équipe d'accueil dans laquelle il développe la problématique de recherche en microbiologie / écologie microbienne qui lui a été confiée. Le stage de recherche est évalué sur la base d’un rapport expérimental rédigé sous forme d’article scientifique et d’une soutenance orale. Une part importante de l’évaluation est basée sur la pertinence des réponses fournies aux questions du jury : maîtrise des concepts et des méthodes utilisées, justification de la démarche scientifique, capacités d’analyse des résultats expérimentaux, perspectives envisagées, honnêteté des résultats.